Ο Στάθης Ξαφάκος είναι απόφοιτος της Ανώτατης Εκκλησιαστικής Ακαδημίας και του Παιδαγωγικού Τμήματος Δημοτικής Εκπαίδευσης Θεσσαλονίκης. Είναι κάτοχος μεταπτυχιακού διπλώματος και διδάκτορας στην Οργάνωση και Διοίκηση της Εκπαίδευσης, και στη Μεθοδολογία Εκπαιδευτικής Έρευνας (Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης Πανεπιστημίου Θεσσαλίας). Έχει συμμετάσχει ως εισηγητής σε ελληνικά και διεθνή συνέδρια, όπως ακόμη έχει δημοσιεύσει επιστημονικά άρθρα σε διεθνή και ελληνικά περιοδικά σχετικά με τη σχολική ηγεσία, το σχολείο ως οργανισμός που μαθαίνει, τα συνεργατικά δίκτυα των εκπαιδευτικών και το καινοτομικό σχολικό κλίμα και τη συμπερίληψη. Είναι Διευθυντής στο 11ο Δημοτικό Σχολείο Γιαννιτσών, ενώ παράλληλα διδάσκει ως συμβασιούχος στην ΑΣΠΑΙΤΕ Κοζάνης.

Ζει με την οικογένειά του, τη Μαρία τη σύζυγό του και τα δύο τους παιδιά, Γιώργο και Κωνσταντίνα, στα Γιαννιτσά.