Από το 1921 ξεκίνησε να δημοσιεύει σε λογοτεχνικά περιοδικά και εφημερίδες της Μόσχας και της Πετρούπολης. Εκτός από τα πολύ σημαντικά μυθιστορήματα και τις νουβέλες του (Λευκή Φρουρά, Διαβολιάδα, Καρδιά σκύλου, Η μυθιστορία του κυρίου Μολιέρου), ο Μπουλγκάκοφ αναδείχθηκε σε έναν από τους πιο αγαπητούς θεατρικούς συγγραφείς της χώρας του (Το διαμέρισμα της Ζόγιας, Οι μέρες των Τουρμπίν, Φυγή, Αδάμ και Εύα κ.ά.).
Παρά τη δημοτικότητά του, το 1926 οι σοβιετικές μυστικές υπηρεσίες έκαναν την πρώτη έφοδο στο σπίτι του για έρευνα. Έκτοτε οι πιέσεις δεν έπαυσαν ποτέ. Γύρω στο 1930 σταμάτησαν να τυπώνονται τα έργα του, τα θεατρικά του κατέβαιναν από τις σκηνές της χώρας, ενώ κάποια απαγορεύτηκαν.
Το 1930 ο Μπουλγκάκοφ απηύθυνε γραπτή έκκληση προς την κυβέρνηση να του επιτραπεί να φύγει απ’ τη χώρα, ενώ το 1931 έγραψε απευθείας στον Στάλιν. Μέχρι το 1939, οπότε και απαγορεύτηκε η παράσταση έργου του (Μπατούμ) που υμνούσε τα νεανικά χρόνια του Στάλιν, ο Μπουλγκάκοφ είχε την ελπίδα πως θα κατάφερνε να φύγει. Μετά την τελευταία αυτή απαγόρευση η κατάσταση της υγείας του επιδεινώθηκε σοβαρά.
Εντωμεταξύ, ο συγγραφέας υπαγόρευσε στη γυναίκα του την τελευταία εκδοχή του μυθιστορήματός του Ο μετρ και η Μαργαρίτα, το οποίο επεξεργαζόταν δώδεκα χρόνια. Το μυθιστόρημα δημοσιεύτηκε για πρώτη φορά σε λογοκριμένες συνέχειες στο λογοτεχνικό περιοδικό Μοσκβά μόλις το 1966. Η πρώτη πλήρης έκδοση σε μορφή βιβλίου πραγματοποιήθηκε το 1973.