Eργάσθηκε ως συμβασιούχος αρχαιολόγος στο Υπουργείο Πολιτισμού, ως μεταδιδάκτορας ερευνητής στο ΕΚΠΑ και ως συμβασιούχος διδάσκων στα Πανεπιστήμια Κρήτης και Πελοποννήσου και στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο. Από το 2012 διδάσκει στο ΕΚΠΑ. Επιπρόσθετα, έχει διδάξει σε πανεπιστήμια της Ευρώπης ως επισκέπτης καθηγητής και έχει διατελέσει Διευθυντής του Εργαστηρίου Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας του ΕΚΠΑ.

Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα εστιάζουν στη μινωική Κρήτη και την προϊστορική Κύπρο, στη θεωρία και την ιστορία της αρχαιολογίας, και σε θεματικές όπως τα ταφικά έθιμα, το φύλο στην Προϊστορία, η κοινωνική οργάνωση και λειτουργία των προϊστορικών κοινωνιών και η αρχαιολογία του τοπίου. Έχει ασχοληθεί και με την πολιτισμική διαχείριση. Για όλα τα παραπάνω θέματα έχει δημοσιεύσει μονογραφίες, έχει επιμεληθεί επιστημονικά συλλογικούς τόμους και έχει γράψει πάνω από 50 άρθρα σε επιστημονικά περιοδικά, διεθνείς συλλογικούς τόμους και πρακτικά συνεδρίων. Ο Γιώργος Βαβουρανάκης συμμετείχε από προπτυχιακός φοιτητής σε αρχαιολογικές ανασκαφές στην Ελλάδα, τη Γαλλία και την Κύπρο. Συν-επόπτευσε τη σωστική ανασκαφή τεσσάρων προϊστορικών τάφων στη θέση Αυδήμου Καμάρες στην Κύπρο και συνδημοσίευσε τα αποτελέσματα της ανασκαφής όντας ακόμη προπτυχιακός φοιτητής. Υπήρξε ο υπεύθυνος ανασκαφικού πεδίου στη συστηματική ανασκαφή της νεολιθικής θέσης Καντού Κουφόβουνος στην Κύπρο, υπό τη διεύθυνση της Ε. Μαντζουράνη, Καθηγήτριας στο ΕΚΠΑ. Μελετά για δημοσίευση τα ευρήματα της ανασκαφής του μινωικού θολωτού τάφου Β στο Απεσωκάρι και είναι αναπληρωτής διευθυντής της πανεπιστημιακής ανασκαφής του ΕΚΠΑ στο Πλάσι του Μαραθώνα.