Έμμισθος πρώτη φορά εργάστηκε στην ίδια εφημερίδα, αφού αποφοίτησε από τη Σχολή του και αφού ολοκλήρωσε τις Στρατιωτικές υποχρεώσεις του τον Ιανουάριο του 1963 με πρώτο μισθό 1350 δραχμές. Από τον Δεκέμβριο του 1967 εργάστηκε στην εφημερίδα "Απογευματινή" ως βοηθός του Διευθυντή της Αλέκου Φιλιππόπουλου.
Στην αρχή της μεταπολίτευσης προσλήφθηκε στην εφημερίδα "Ακρόπολη", στην οποία ανέλαβε για 8 μήνες τη Διεύθυνση σύνταξης, θέση που υπηρέτησε μέχρι τον Μάρτιο του 1976. Στις 9 Απριλίου του 1976 συνέβη η καθοριστική για το υπόλοιπο της ζωής και της καριέρας του, συνάντηση με τον Κίτσο Τεγόπουλο εκδότη της "Ε" (Ελευθεροτυπίας), εφημερίδας που ιδρύθηκε στην αρχή της μεταπολίτευσης (Ιούλιο 1975) και άλλαξε την μέχρι τότε καθιερωμένη σχέση Δημοσιογράφων και Εφημερίδας, έτσι όπως είχε διαμορφωθεί από την αρχή της έντυπης δημοσιογραφίας στην Ελλάδα.
Στις 10 Απριλίου 1976, στις 02:00 τα ξημερώματα ανέλαβε καθήκοντα Διευθυντή στην "Ε". Ωστόσο το όνομα του τυπώθηκε πρώτη φορά ως Διευθυντή της μετά από 6 μήνες, διότι στο μεταξύ επεδίωξε την επιστροφή του προηγούμενου Διευθυντή Αλέκου Φιλλιπόπουλου. Στα 31 χρόνια της Διεύθυνσης επί Σεραφείμ Φυντανίδη, η "Ε" καθιερώθηκε στη συνείδηση των αναγνωστών ως ένα ελεύθερο και πρωτοποριακό μέσο, ανοικτό προς τους νέους (απόδειξη το ένθετο περιοδικό "schooligans", που έγραψε τη δική του ιστορία), με οικολογική ευαισθησία, με πρωτότυπα εξώφυλλα και φυσικά με πωλήσεις που πολλές φορές υπερέβαιναν σε καθημερινή βάση τα 150.000 φύλλα!
Με το θάνατο του Κίτσου Τεγόπουλου στις 29 Νοεμβρίου 2006 σε ηλικία 86 ετών άρχισε και η αντίστροφη μέτρηση για την -ήδη 30 χρόνων- παρουσία του Σεραφείμ Φυντανίδη στην Διεύθυνση της "Ε" μα τα γεγονότα έδειξαν ότι με την αποχώρηση του Φυντανίδη στις 21 Απριλίου 2007, άρχισε και η αντίστροφη μέτρηση για την εφημερίδα που μετά από 36,5 χρόνια συνεχούς λειτουργίας, σταμάτησε την έκδοση της το πρωί της 31ης Δεκεμβρίου 2011.
Ο Σεραφείμ Φυντανίδης είχε ένα σύντομο πέρασμα από την τηλεόραση, παρουσιάζοντας την εκπομπή "Κυριακή με τον Σεραφείμ Φυντανίδη" στον τηλεοπτικό σταθμό Σκάϊ την τηλεοπτική περίοδο 2007 με 2008. Και με εξωτερικές παραγωγές στην κρατική τηλεόραση, την εκπομπή "χθες, σήμερα, αύριο, με τον Σεραφείμ Φυντανίδη" τις περιόδους 2008-2009 και 2009-2010. Και τέλος την εκπομπή "Οι παρέες γράφουν ιστορία" 2010-2011.
Μετά από όλη αυτή τη διαδρομή, το Σεπτέμβριο του 2013 ανέλαβε καθήκοντα Προέδρου Δ.Σ. στο νέο κανάλι E Channel με λογότυπο το "Ε".
Παράλληλα με τη Δημοσιογραφική του καριέρα έγραψε 2 βιβλία:
• Το πρώτο εκδόθηκε το 2002 με τίτλο "Απόδραση σε τέσσερις ηπείρους" και μέχρι σήμερα έχει εκδοθεί 13 φορές. (Εκδόσεις Καστανιώτη)• Το δεύτερο εκδόθηκε το 2014 και έχει τίτλο "31 αξέχαστα χρόνια στο ξύλινο τιμόνι της «Ελευθεροτυπίας» και της «Κυριακάτικης Ε»". (Εκδόσεις Παττάκη)Με την έκδοση του πρώτου του βιβλίου το 2002, ανακοίνωνε και την επιθυμία του να γράψει ένα βιβλίο με τίτλο "Πώς να (μη) γίνεις Δημοσιογράφος", δεν επρόκειτο όμως για μια εξαγγελία εντυπώσεων, 50 χειρόγραφα που αφορούν την συγγραφή αυτού του βιβλίου υπάρχουν στο γραφείο του. Υπήρξε επίσης Μέλος του Δ.Σ. της ορχήστρας των χρωμάτων από το 1993 μέχρι το θάνατό του.
Πέθανε στις 21.00 το βράδυ της Πέμπτης 25 Δεκεμβρίου 2014 σε ηλικία 77 ετών, προδομένος από την καρδιά του, και στις 13.00 του Σαββάτου 27 Δεκεμβρίου κηδεύτηκε στο 1ο Νεκροταφείο Αθηνών.
