Ο Ιωάννης Παπαφλωράτος γεννήθηκε το 1973. Εισήχθη μεταξύ των πρώτων στη Νομική Σχολή Κομοτηνής, το 1992. Κατά τη διάρκεια των σπουδών του, εργάστηκε ως ερευνητής στο Ελληνικό Ίδρυμα Αμυντικής και Εξωτερικής Πολιτικής και η εργασία του υπό τον τίτλο «Οι αποφάσεις των διεθνών οργανισμών επί της Γιουγκοσλαβικής κρίσεως (ΟΗΕ, ΝΑΤΟ, Ευρωπαϊκή Ένωση, Δυτικοευρωπαϊκή Ένωση), 1991 - 1996» εκδόθηκε υπό την μορφή Background Paper σε 4 τόμους για τις διπλωματικές μας υπηρεσίες. Το 1997, έλαβε το πτυχίο του και την ιδία χρονιά μετέβη στην Ολλανδία για μεταπτυχιακές σπουδές. Το 1998, απέκτησε μεταπτυχιακό τίτλο εξειδίκευσης στις Διεθνείς και Ευρωπαϊκές Σχέσεις από το Amsterdam School of International Relations. Το 1999, άρχισε την εκπόνηση της διεπιστημονικής διδακτορικής διατριβής του υπό την επίβλεψη του αείμνηστου καθηγητή Κων. Σβολοπούλου. Το 2004, αναγορεύθηκε διδάκτωρ του Πανεπιστημίου Αθηνών με «άριστα». Τον Σεπτέμβριο του 2009, υπήρξε διαλέκτης στο Πολυεθνικό Κέντρο Εκπαιδεύσεως Επιχειρήσεων Υποστηρίξεως Ειρήνης του ΝΑΤΟ.

Σήμερα, διδάσκει σε 7 παραγωγικές σχολές. Τον Δεκέμβριο του 2010, βραβεύθηκε από την Ακαδημία Αθηνών για το σύγγραμμά του υπό τον τίτλο «Η ελληνοϊταλική κρίση του 1923-Το επεισόδιο Tellini/Κερκύρας». Έχει συμμετάσχει ως ομιλητής σε διεθνή και ελληνικά επιστημονικά συνέδρια και ημερίδες, καθώς και ως συγγραφέας σε  συλλογικά έργα.  ενώ έχουν δημοσιευθεί περισσότερα από 290 άρθρα του σε εφημερίδες και περιοδικά.