Η Βασιλική Μαρκάκη γεννήθηκε και μεγάλωσε στην Αθήνα. Έχει σπουδάσει Πολιτιστική Διαχείριση, Οργάνωση και Διοίκηση Μουσείων, Ιστορία της Τέχνης και Διεθνείς Σχέσεις, στην Ελλάδα και την Αγγλία.
Στο παρελθόν συνεργάστηκε με μουσεία Φυσικής Ιστορίας στην Αθήνα και το Λονδίνο, και με τη Βρετανική Επιτροπή για την Επιστροφή των Γλυπτών του Παρθενώνα για την ομώνυμη εκστρατεία. Επιπλέον, σχεδίασε για το Γραφείο του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου στην Ελλάδα εκπαιδευτικές δράσεις και πακέτα δραστηριοτήτων για σχολικές ομάδες και οικογένειες. Έχει επίσης ασχοληθεί επί σειρά ετών με την έρευνα για τη σύνδεση τυπικής και άτυπης μάθησης μέσα από ελληνικά και διεθνή ερευνητικά προγράμματα. Ακόμη, για το Σπίτι της Ευρωπαϊκής Ιστορίας (Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο-Βρυξέλλες), ως μέλος της ομάδας σχεδιασμού και προετοιμασίας του νέου μουσείου, ασχολήθηκε με τον στρατηγικό σχεδιασμό των πρώτων εκπαιδευτικών προγραμμάτων του νέου μουσείου, για φυσικούς και online επισκέπτες καθώς και τον σχεδιασμό διαδραστικών εκθεμάτων για μικρούς επισκέπτες.

Από το 2017 εργάζεται στο Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης ως συντονίστρια του προγράμματος eLearning του Μουσείου.