Ο Απόστολος Δοξιάδης γεννήθηκε στην Αυστραλία από Έλληνες γονείς και μεγάλωσε στην Αθήνα. Σπούδασε μαθηματικά στο Πανεπιστήμιο Κολούμπια στη Νέα Υόρκη και συνέχισε τις μεταπτυχιακές του σπουδές στο Παρίσι. Γυρίζοντας στην Ελλάδα, σκηνοθέτησε για το θέατρο και τον κινηματογράφο. Η δεύτερή του ταινία μεγάλου μήκους, "Τεριρέμ", βραβεύτηκε με το βραβείο της Διεθνούς Συνομοσπονδίας Κινηματογράφου Τέχνης στο Φεστιβάλ Βερολίνου το 1988.

Έγραψε τα πεζογραφήματα "Βίος Παράλληλος" (Άγρα, 1985), "Μακαβέττας" (Εστία, 1988, αναθεωρημένη έκδοση Ίκαρος, 2010), "Ο Θείος Πέτρος και η Εικασία του Γκόλντμπαχ" (Καστανιώτης, 1993, αναθεωρημένη έκδοση 2001), "Τα Τρία Ανθρωπάκια" (Καστανιώτης, 1998), καθώς και το θεατρικό έργο "Δέκατη Έβδομη Νύχτα", που εκδόθηκε μαζί με το δοκίμιο "Από την Παράνοια στους Αλγόριθμους" στο ομότιτλο βιβλίο (Ίκαρος, 2006).Το 2008 κυκλοφόρησε από τον Ίκαρο με πολύ μεγάλη επιτυχία το graphic novel "Logicomix", σε συνεργασία με τους Χρίστο Παπαδημητρίου, Αλέκο Παπαδάτο, και Annie Di Donna, ύστερα από πέντε χρόνια δουλειάς. Το βιβλίο που κυκλοφόρησε πρώτα στα ελληνικά, απέσπασε εξαιρετικές κριτικές από αναγνώστες και κριτικούς, ενώ σύντομα ακολούθησε η έκδοσή του σε 22 χώρες ανά τον κόσμο, μετατρέποντάς το σε ένα εκδοτικό φαινόμενο.