Το 1616 ο Γαλιλαίος είχε αποδεχτεί στους περιορισμούς των αποφάσεων της Ιεράς Εξέτασης. Όμως με το βιβλίο που γράφει το 1632 προσπαθεί να δοκιμάσει τα όρια αυτών των περιορισμών. Κι ακόμα, θεωρεί πως ο Πάπας —και χάριν της μακροχρόνιας σχέσης τους αμοιβαίου σεβασμού, πριν από την εκλογή του— δεν θα έφτανε στα άκρα παραπέμποντάς τον στην Ιερά Εξέταση. Ωστόσο, η απόλυτη εξουσία της Εκκλησίας απαιτούσε απόλυτη υπακοή· έτσι, ο Πάπας μετατράπηκε στον δριμύτερο κατήγορό του.
Στη Δίκη του Γαλιλαίου προβάλλεται η θέση ότι το πρόβλημα για την Καθολική Εκκλησία δεν ήταν τόσο η θεολογικά αιρετική άποψη περί κίνησης της Γης όσο το ότι μια νέα κοσμολογία θα οδηγούσε σε έναν νέο τρόπο θέασης της φύσης· και τότε ο αριστοτελισμός, που είχε ήδη δεχτεί πολλά πυρά, θα κατέρρεε, μαζί με το σύστημα ιδεών που στήριζε την τεράστια κοινωνική εξουσία φιλοσόφων και θεολόγων. Οι αστρονόμοι, οι μαθηματικοί και οι τεχνίτες θα άρχιζαν να παίζουν κυρίαρχο ρόλο, οι κοινωνικοί συσχετισμοί θα άλλαζαν. Αυτά ήθελε να αποφύγει η εκκλησιαστική εξουσία τον 17ο αιώνα, και οι παραδοσιακές ερμηνείες των Γραφών τής έδιναν το καλύτερο άλλοθι για να το πετύχει. Ο ανυπάκουος Γαλιλαίος θα μπορούσε να εξελιχθεί σε ένα σύμβολο ατίθασου πνεύματος που θα υπονόμευε τη διανοητική ηγεμονία της Εκκλησίας.
