Οι διοικητικοί μετασχηματισμοί αποτυπώνονται στην ουσιαστική μεταβίβαση των εξουσιών από τον εκάστοτε διευθυντή στα Διοικητικά Συμβούλια, στα οποία προεδρεύουν την περίοδο 1941-1944 οι δύο από τους τρεις κατοχικούς πρωθυπουργούς. Η Απελευθέρωση της χώρας βρίσκει το Εθνικό Θέατρο να ελέγχεται σε μεγάλο βαθμό από ηθοποιούς προσκείμενους στο αντιστασιακό κίνημα και αποφασίζεται η αναστολή της λειτουργίας του. Μετά τις εκλογές του 1946 και τη διολίσθηση στη γενικευμένη εμφύλια σύρραξη εδραιώνεται πλέον η άμεση εξάρτηση της διεύθυνσης της κρατικής σκηνής από την εναλλαγή των κομμάτων στην εξουσία.
Οι ριζικές αλλαγές στη φυσιογνωμία της κρατικής σκηνής αποτυπώνονται επιπλέον στους όρους διαμόρφωσης του καλλιτεχνικού έργου της σε όλη τη διάρκεια της δεκαετίας. Η δυσπραγία του οργανισμού στα κατοχικά χρόνια, κατά τα οποία δεν λείπουν οι ανταγωνισμοί για την επικράτηση στη μισθολογική κλίμακα και την αναρρίχηση στην καλλιτεχνική ιεραρχία, καθώς και οι αποκλεισμοί στελεχών για πολιτικούς λόγους κατά τη διάρκεια της εμφύλιας σύγκρουσης επιφέρουν τη ριζική ανασύνθεση του καλλιτεχνικού δυναμικού του θιάσου. Στη συγκρότηση του ρεπερτορίου, που ασφαλώς δυσχεραίνεται από τους μηχανισμούς της λογοκρισίας, αντικατοπτρίζονται πότε η απόπειρα διερεύνησης του σύγχρονου δραματολογίου, πότε η προσήλωση στους κλασικούς συγγραφείς, ανάλογα με τη στρατηγική της εκάστοτε διεύθυνσης. Οι έντονες διεργασίες για τη διεκδίκηση της κυρίαρχης θέσης του σκηνοθέτη σηματοδοτούνται από την έλευση στους κόλπους του ιδρύματος νέων προσώπων που επιχειρούν να καταθέσουν μια διαφορετική πρόταση, όχι μόνο για την υποκριτική και τη σκηνοθεσία, μέσα από την επιδίωξη ενός καλλιτεχνικού πλουραλισμού, αλλά και για τον εκσυγχρονισμό της συνολικής λειτουργίας της κρατικής σκηνής.
Άμεσα εξαρτημένο από την κρατική μηχανή το Εθνικό Θέατρο θα εγγράψει στην ιστορία του ευκρινώς όλα τα χαρακτηριστικά εκείνης της περιόδου: την ανέχεια και την αλληλεγγύη της Κατοχής, τον ενθουσιασμό και τη σύντομη, όπως αποδείχθηκε, ελπίδα της Απελευθέρωσης, τη συντηρητική αναδίπλωση και τον διχασμό του Εμφυλίου Πολέμου.
