Έχουν περάσει τέσσερα χρόνια και ο Λάιτ έχει αναλάβει το ρόλο του `Δεύτερου Ελ`, ενώ συνεχίζει να
διαμορφώνει τον κόσμο ως Κίρα. Οι δύο προστατευόμενοι του Ελ, όμως, έχουν αρχίσει να κινούνται. Αφού ανακαλύπτουν την ύπαρξη του τετραδίου θανάτου, συμπεραίνουν και οι δύο ότι ο συντομότερος τρόπος να συλλάβεις τον Κίρα είναι μέσω του τετραδίου κι έτσι ξεκινά ένας αγώνας για το τετράδιο.
Το ιδιοφυές σχέδιο του Μέλλο να πάρει το τετράδιο επιτυγχάνει και μαθαίνει έτσι για τον ψεύτικο `Κανόνα των 13 Ημερών`. Αλλά η ιαπωνική ομάδα κρούσης καταφέρνει να ανακτήσει το τετράδιο και ο Μέλλο αναγκάζεται να κρυφτεί. Η επανάκτηση του τετραδίου, όμως, δε γίνεται χωρίς κόστος και ο Σοϊχίρο Γιαγκάμι τραυματίζεται θανάσιμα. Έπειτα από μια σειρά γεγονότων στις ΗΠΑ, ο Μέλλο και ο Νίαρ ανταλλάσσουν πληροφορίες. Αφού μαθαίνει για τον ψεύτικο `Κανόνα των 13 Ημερών`, ο Νίαρ αρχίζει να υποπτεύεται το νέο Ελ ως Κίρα και ταράζει τα νερά στην ιαπωνική ομάδα κρούσης.
Εν τω μεταξύ, ο Λάιτ βάζει τη Μίσα να παραιτηθεί από την κυριότητα του δικού της τετραδίου θανάτου, για να βεβαιωθεί ότι δε θα μπορέσουν να συνδέσουν αποδεικτικά στοιχεία με εκείνη και επιλεγεί τον Μικάμι, ένα θαυμαστή του Κίρα, ως τον επόμενο Κίρα. Ο Λάιτ, όμως, βρίσκεται υπό παρακολούθηση και αδυνατεί να δώσει απευθείας εντολές στον καινούριο προστατευόμενό του. Κατά σύμπτωση, ο Μικάμι διαλέγει την Τάκαντα, μια παρουσιάστρια του Νην και παλιά συμφοιτήτρια του Λάιτ, ως νέα εκπρόσωπο του Κίρα. Ο Λάιτ αρπάζει την ευκαιρία και καταφέρνει να έρθει σε επαφή με τον Μικάμι μέσω της Τάκαντα.